對于已確定的第二時段期后事項，需要根據不同情況進行恰當處理。

首先要明確第二時段期后事項是指在審計報告日至財務報表報出日之間發生的事項。

如果管理層修改了財務報表，注冊會計師應當根據具體情況實施必要的審計程序。這包括檢查管理層采取的措施能否確保所有收到原財務報表和審計報告的人士了解這一情況。因為只有讓相關人士知曉財務報表已修改，才能保證信息的準確性和透明度。同時，注冊會計師需要針對修改后的財務報表出具新的審計報告。新審計報告的日期不應早于董事會或類似機構批準修改后的財務報表的日期，這樣可以保證審計報告的時效性和可靠性。并且，注冊會計師應當將用以識別期后事項的審計程序延伸至新的審計報告日，以確保在新的時間節點上沒有新的重大期后事項被遺漏。

若管理層不修改財務報表且審計報告未提交時，注冊會計師應當發表非無保留意見的審計報告。因為已確定的期后事項對財務報表有重大影響，而管理層拒絕修改，這會影響財務報表使用者對財務信息的正確理解，所以注冊會計師需要通過非無保留意見來提醒使用者關注這一情況。

當管理層不修改財務報表且審計報告已提交時，注冊會計師應當通知管理層和治理層（除非治理層全部成員參與管理被審計單位）在財務報表作出必要修改前不要向第三方報出。如果財務報表仍被報出，注冊會計師應當采取適當措施，以設法防止財務報表使用者信賴該審計報告。例如，可以利用傳媒等手段發表聲明，說明審計報告已不適用等情況，以維護審計的獨立性和專業性，保護財務報表使用者的利益。

總之，處理已確定的第二時段期后事項需要注冊會計師保持職業謹慎，根據不同情形采取合理有效的措施，確保財務報表信息的真實性和可靠性，保障財務報表使用者的合法權益。